Анализ CRISPR/Cas13a отличает SARS-CoV-2 от родственных сарбековирусов с ограничениями обнаружения от 15 до 150 фемтомолярных вирусов
В исследовании, опубликованном 14 ноября в Scientific Reports, представлен двухканальный анализ CRISPR/Cas13a, предназначенный для отличия SARS-CoV-2 от родственных сарбековирусов с использованием синтетических РНК-мишеней. Авторами являются Лески, Дин, Джонсон, Грин, Диаз, Стенгер и их коллеги.
Исследователи построили панель, охватывающую 12 зоонозных сарбековирусов, и отсортировали результаты по трем классам: SARS-CoV-2, его ближайший сосед BANAL-236 и остальные ближайшие соседи. Руководящий проект РНК использовал двухступенчатую оптимизацию машинного обучения, сначала скрининг с помощью RuleFit, а затем переподготовку на 382 точках данных in vitro, с порогом исключения несоответствия, увеличенным с 4 до 6.
В экспериментах на синтетических мишенях РНК предел аналитического обнаружения анализа варьировался от 15 до 150 фемтомоляр. Авторы утверждают, что работа демонстрирует способность анализа Cas13a различать близкородственные вирусы.
Источник: GSM · Соединённые Штаты (Английское издание · Оригинальное китайское издание)
Фото: 图：SARS-CoV-2 病毒颗粒从实验室培养的细胞表面释出的透射电子显微镜图像。来源：NIAID-RML，Wikimedia Commons，CC BY 2.0。 / Photo: Transmission electron microscope image of SARS-CoV-2 virus particles emerging from a lab-cultured cell. Source: NIAID-RML, Wikimedia Commons, CC BY 2.0.
